Salmonella dans les carcasses de poulets et de dindes de chair exploration des facteurs de risque potentiels de contamination et caractérisation des souches isolées dans les établissements d’abattage de la wilaya d’Alger

Abstract

Salmonella est l’un des principaux agents pathogènes responsables des maladies d’origine alimentaire. Le présent travail de thèse a été initié dans le but (i) d’estimer la prévalence avec exploration des facteurs de risque associés à la contamination salmonellique des carcasses de volaille, prélevées dans 16 établissements d’abattage de la wilaya d’Alger, (ii) de caractériser les isolats phénotypiquement puis génotypiquement, et (iii) d’examiner le lien de clonalité phénotypique et phylogénétique. Un total de 1130 échantillons de peaux de cou prélevés de 160 lots de poulets de chair et de 66 lots de dindes de chair, a été examiné. L’isolement et le sérotypage ont été réalisés selon les modalités définies par la norme internationale ISO 6579 (2002), et la recherche des facteurs de risque de contamination par construction d’un modèle de régression logistique pour chaque espèce animale. La sensibilité aux antibiotiques a été étudiée en déterminant la concentration minimale inhibitrice (CMI) par microdilution, avec le système SensititreTM. La caractérisation génotypique a fait appel à la méthode de typage par PFGE avec digestion du génome à l’endonucléase XbaI, suivant la procédure standardisée par le CDC (2015). La prévalence de la contamination salmonellique des échantillons était de 39% chez le poulet et de 17,3% chez la dinde ; le risque de contamination augmenterait lorsque moins de 6 poulets sont échaudés en même temps (OR = 0,31 ; IC 95% : [0,15 - 0,63]) et les carcasses de dindes présenteraient une plus forte probabilité de contamination (OR = 4,44 ; IC 95% : [1,29 - 15,29]) lorsqu’elles sont produites dans les établissements d’abattage de dindes uniquement. Prédominés par Kentucky, Enteritidis et Typhimurium, 11 sérotypes ont été identifiés avec une diversité moyenne. Les taux de résistance et de multirésistance étaient de 98,3% et de 80%, respectivement, avec identification de 33 antibiotypes dont 30 phénotypes de résistance d’alerte. Les souches analysées ont été caractérisées en 47 pulsotypes et 9 pulsogroupes. Globalement, les souches testées étaient fortement liées phénotypiquement alors que leur origine phylogénétique était multiclonale. Les résultats obtenus montrent que tous les établissements enquêtés n’ont pas maîtrisé l’hygiène du procédé d’abattage en livrant un produit fini contaminé par Salmonella. Ils suggèrent la circulation de sérotypes moyennement homogènes mais des antibiotypes et des pulsotypes hétérogènes, ainsi que la commercialisation de certains lots de carcasses non conformes et d’autres à risque élevé de transmission de l’antibiorésistance à l’homme