Investigation et caractérisation moléculaire des Staphylococcus aureus et autres Staphylococcus spp. résistants à la méticilline chez les animaux et les matrices alimentaires

Abstract

Staphylococcaceae résistantes à la méthicilline représentent une menace pour la santé humaine et animale en raison de leur résistance aux antibiotiques. Comprendre leur prévalence et distribution dans les populations animales est crucial pour élaborer des stratégies de contrôle. Cette étude a pour objectif d'identifier la composition bactérienne des Staphylococcaceae de la flore nasale des dromadaires et d'évaluer la présence de Mammaliicoccus résistants à la méthicilline (MRM) et de Staphylococcus résistants à la méthicilline (MRS) chez les dromadaires, les ovins et dans les denrées alimentaires en Algérie. Des écouvillons nasaux ont été prélevés sur 46 dromadaires et 200 ovins provenant de diverses fermes. Les milieux non sélectifs et supplémentés d'antibiotiques ont permis d'isoler les MRS et MRM. Les isolats ont été identifiés avec le spectromètre de masse Autoflex Biotyper (MALDI-TOF MS®) et les gènes mecA et mecC détectés par PCR. Les souches résistantes ont été analysées en détail par séquençage complet du génome (WGS) et analyses bio-informatiques. Pour les dromadaires, 13 espèces distinctes de Staphylococcus et Mammaliicoccus ont été identifiées, dont près de la moitié étaient coagulase-positives. Sur sept fermes évaluées, quatre étaient positives pour MRS, avec 16 isolats provenant de 13 dromadaires. Les espèces prédominantes étaient M. lentus, S. epidermidis et S. aureus. Les analyses phylogénétiques ont montré une similarité clonale parmi les souches de M. lentus, alors que les souches de S. epidermidis n'étaient pas étroitement apparentées. Des gènes de résistance tels que mecA, mecC, ermB, tet(K) et blaZ ont été détectés. Pour les ovins, la prévalence de MRS était de 85% avec 17 fermes positives sur 20. Onze espèces distinctes de Staphylococcus et Mammaliicoccus ont été identifiées, les plus courantes étant S. saprophyticus, M. lentus et S. haemolyticus. Les analyses ont montré une multirésistance chez ces souches de MRS. Cette étude révèle la présence significative de Staphylococcaceae résistantes à la méthicilline chez les dromadaires et les ovins en Algérie. Les analyses bio-informatiques ont permis une caractérisation détaillée des espèces et des mécanismes de résistance. Ces résultats soulignent l'importance d'une surveillance continue et d'une approche "One Health" pour gérer et comprendre la propagation de la résistance aux antibiotiques dans ces écosystèmes