Filière viande en algérie : étude de prévalence, profil d’antibiorésistance et caractérisation moléculaire des souches de staphylococcus aureus isolées dans des saucisses crues de type merguez, en Algérie

Abstract

L’émergence et la réémergence de bactéries multi-résistantes d’origine alimentaire sont l’une des principales sources de préoccupation dans le monde. Récemment, Staphylococci spp. et Macrococcus ont reçu une attention particulière en raison de leur possible potentiel d’entérotoxinogénèse et de dissémination des gènes de résistance trouvés sur les élements génétiques mobiles. La présente étude visait à étudier tout d’abord le profil de sensibilité aux antibiotiques et la diversité à l’aide de MALDI TOF MS, des souches isolées de saucisses crues en Algérie. Toutes les souches ont été soumises à la PCR en temps réel et ont été confirmées par PCR standard pour détecter les gènes mecA/mecC. Deuxièmement, une enquête sur la consommation des Merguez a été conçue pour étudier les facteurs de risque potentiels en relation avec les comportements de consommation qui ont une relation significative avec la survenue de toxi-infections alimentaires. Aussi, pour explorer les groupes vulnérables. Troisièmement, pour évaluer l’évolution des cas et estimer les comportements d’utilisation des antibiotiques utilisés après une toxi-infection alimentaire déclarée, aussi bien pour les malades que les consommateurs hospitalisés. Au total, plus de 300 boucheries de treize (13) départements (Daira) d’Alger avec plus de 50 municipalités ont été incluses aléatoirement dans nos études pour ; collecter des échantillons de saucisses crues et distribuer 1500 questionnaires aux consommateurs de viande rouge. Nos trois études ont été menées en même temps, entre Juin 2016 et Juin 2019. Des échantillons de saucisses ont été prélevés à raison d’une fois par boucherie pour estimer la prévalence de Staphylococci spp. et le niveau de contamination par S. aureus pour arriver à évaluer la qualité des saucisses crues (Merguez) vendues à Alger, Algérie. Toutes les souches isolées ont été testées pour leur résistance aux antibiotiques. En outre, des questionnaires ont été distribués et utilisés pour collecter des informations sur divers aspects de la consommation de saucisses, des toxi-infections alimentaires et leur évolution ; également sur les habitudes de consommation et des comportements d’utilisation des antibiotiques après l’épisode maladive. Les données recueillies ont été analysées avec différentes approches statistiques, telles que le test de Chi-deux et le modèle logistique univariable Odds ratio (OR). Tous les facteurs de risque ont été analysés en étudiants leur association avec la survenue de toxi-infections alimentaires suite à la consommation des Merguez.La prévalence globale de la contamination par S. aureus dans les saucisses crues vendues était de 25.22%. Plus de 83.33% des souches ont montré une résistance à au moins un des antibiotiques testés. Les plus importants étaient pour la tétracycline (58%), suivie par la l’oxacilline (36%), la fosfomycine (33%), et la pénicilline G (25%). De plus, l’indice de multi-résistance aux antibiotiques (MAR) comprend 20 profils de résistance avec MAR0.2. Aussi, et sur un total de 84 souches incluses dans la deuxième étude, 73 (86.90%) souches ont été identifiées Staphylococci spp. dont S. saprophyticus(32,87%), S. aureus (28,76%), S. sciuri (10,95%), S. xylosus (8,21%), S. gallinarum (5,47%), S. vitulinus (4,10%) et S. equorum, S. lentus, S. haemolyticus, avec 2,73% suivi de S. warneri (1,36%). Le reste représentait Macrococcus caseolyticus avec 13.09% (n=11/84). Le dendrogramme MSP a révélé 4 clusters distincts selon un seuil de distance de 500. Toutes les souches de S. aureus étaient sévérement résistantes aux bêta-lactames (93.65%). L’acide fusidique (62.50%) et la doxymycine (70.83%) étaient les molécules auxquels S. saprophyticus a eu plus résistance. Les souches de M. caseolyticus ont révélés un profil de résistance contre la céfoxitine/érythromycine (63.63%) et la clindamycine/tétracycline (54.54%). Il n’y avait pas de résistance à la vancomycine. Nous avons détecté le gène mecA dans 5 souches résistantes à la méthiciline confirmées par PCR, avec une prévalence de 23.80%. Dans l’ensemble, 66.67% des isolats de S. aureus étaient positifs pour au moins un des sept gènes d'entérotoxines identifiés et 19,05% hébergeaient de deux à quatre gènes d'entérotoxines. Les prédominants étaient seb (38,09%); suivie par sea, see, seg, she avec (14,28%), et sed avec (9,52%). Aucun isolat contenant des gènes d'entérotoxine sec n'a été enregistré. Les souches de S. aureus et de M. caseolyticus isolées des saucisses crues avaient des gènes d’entérotoxine avec une prédominance de seb et see, respectivement. Non seulement S. aureus mais aussi S. haemolyticus, S. sciuri et M. caseolyticus étaient considérés comme un danger potentiel pour les consommateurs. De plus, les S. non-aureus une combinaison de gènes sea et see a été enregistrée avec 14,28% parmi les souches isolées.Pour la première enquête, sur les 440 consommateurs de viande, 22,16% ont révélé avoir une toxiinfection alimentaire après consommation de saucisse. Les facteurs de risque enregistrés étaient: la consommation hors domicile (24,30%, OR = 1,769, p = 0,040), pendant la saison estivale (24,30%, OR = 1,159) et pendant le déjeuner (26,50%, OR = 1,421). La deuxième étude a montré que sur les 504 consommateurs de saucisses, 22,15% ont révélé avoir une toxi-infection alimentaire après la consommation de saucisses, avec plus de 53,60% des consommateurs malades qui ont été hospitalisés.Les facteurs de risque: le jeune âge (89,69% OR = 1,323), les hommes (33,00%; OR = 1,275), les consommateurs vivant avec leurs familles (84,54 %; OR = 1,387) et les consommateurs avec enfants à charge (22,68%; OR = 1,62). De plus, les jeunes (p = 0,00002; 76,29%), les femmes qui ont accouché (p = 0,00001; 25,77%) et les femmes enceintes (50,52%) se sont révélées être des consommatrices vulnérables présentant des facteurs de risque élevés de RO = 0,35, OR = 2,021, et OR = 1,43, respectivement. Les consommateurs d'immunodéficience (42,27%; OR = 3,361) sont la principalecatégorie à risque. Pour le comportement d'utilisation d'antibiotiques, 52,58% (n = 51/97; p = 0,003; OR = 1,965) avaient fait recours à l’automédication et 41,24% (p = 0,008; OR = 1,87) avaient interrompu l’antibiothérapie. De même, la pratique d'automédication a été importante (71,15%; n = 37/97) avec OR = 7,45 (p = 0,00001) parmi les consommateurs qui ont eu tendance à l’hospitalisation. Malheureusement, la majorité (28,85%) a déclaré interrompre le protocole thérapeutique après avis médical avec OR = 9,96 (p = 0,0001). Nos études fournissent pour la première fois des informations sur la prévalence de la contamination par S. aureus des Merguez vendus à Alger, et la forte multi-résistance des souches de Staphylococci. Ainsi, les résultats montrent que non seulement S. aureus mais aussi Staphylococci spp. qui ont sont considérés comme un danger potentiel pour les consommateurs et met en évidence le risque de Staphylococci spp., Macrococcus caseoltyticus et les SARM ce qui représente une vraie menace pour la propagation des différents gènes de résistance et de virulence dans la communauté à travers la source alimentaire. Ce qui devrait être pris au sérieux, avec l’accent mise sur le rôle de l'homme et de l'animal en tant que réservoirs de résistance bactérienne pour réduire et prévenir la propagation des souches résistantes, une gestion et une surveillance solides de l'utilisation des antibiotiques devraient être établi. Nous pouvons conclure que la saucisse crue doit être consommée avec précaution pour les groupes vulnérables à risque (YOPI) et que l'application du système HACCP est essentielle soit dans les boucheries produisant des saucisses et / ou des abattoirs. Aussi, des programmes d'éducation et de sensibilisation du public (les personnes à risque) devraient être développés, en particulier pour les habitudes de consommation et l’usage des antibiotiques